Como regularizar a contribuição previdenciária da empresa que contribui abaixo do mínimo?

Quem deve fazer a complementação é o segurado (empregado ou não) e não a empresa.

Previsão legal:
Art. 195, § 14, CF/88: O segurado somente terá reconhecida, como tempo de contribuição ao Regime Geral de Previdência Social, a competência cuja contribuição seja igual ou superior à contribuição mínima mensal exigida para sua categoria, assegurado o agrupamento de contribuições (soma de todas as rendas apenas se as competências forem do mesmo ano.).

Art. 216 do decreto 3.048/99: A arrecadação e o recolhimento das contribuições e de outras importâncias devidas à seguridade social, observado o que a respeito dispuserem o Instituto Nacional do Seguro Social e a Secretaria da Receita Federal, obedecem às seguintes normas gerais:

§ 27-A. O segurado que, no somatório de remunerações auferidas no período de um mês, receber remuneração inferior ao limite mínimo mensal do salário de contribuição poderá solicitar o ajuste das competências pertencentes ao mesmo ano civil, na forma por ele indicada, ou autorizar que os ajustes sejam feitos automaticamente, para que o limite mínimo mensal do salário de contribuição seja alcançado, por meio da opção por:
I – complementar a sua contribuição, observado que:
a) o recolhimento da complementação deverá ser efetuado pelo próprio segurado até o dia quinze do mês seguinte ao da competência de referência e, após essa data, com incidência dos acréscimos legais de que tratam os art. 238 e art. 239;
b) para o empregado, o empregado doméstico e o trabalhador avulso, a complementação será efetuada por meio da aplicação da alíquota de sete inteiros e cinco décimos por cento, inclusive para o mês em que exista contribuição concomitante na condição de contribuinte individual; e
c) para o contribuinte individual que preste serviço a empresa, de que trata o § 26, e que contribua exclusivamente nessa condição, a complementação será efetuada por meio da aplicação da alíquota de vinte por cento;
II – utilizar o valor da contribuição que exceder o limite mínimo de uma competência em outra, observado que:
a) para efeito de utilização da contribuição, serão considerados os salários de contribuição apurados por categoria, consolidados na competência de origem;
b) o salário de contribuição poderá ser utilizado para complementar uma ou mais competências com valor inferior ao limite mínimo, mesmo que em categoria distinta;
c) poderão ser utilizados valores excedentes ao limite mínimo do salário de contribuição de mais de uma competência para compor o salário de contribuição de apenas uma competência; e
d) utilizado o valor excedente, caso o salário de contribuição da competência favorecida ainda permaneça inferior ao limite mínimo, esse valor poderá ser complementado nos termos do disposto no inciso I; ou
III – agrupar contribuições inferiores ao limite mínimo de diferentes competências, para aproveitamento em contribuições mínimas mensais, observado que:
a) as competências que não atingirem o valor mínimo do salário de contribuição poderão ser agrupadas desde que o resultado do agrupamento não ultrapasse o valor mínimo do salário de contribuição;
b) na hipótese de o resultado do agrupamento ser inferior ao limite mínimo do salário de contribuição, o segurado poderá complementar na forma prevista no inciso I ou utilizar valores excedentes na forma prevista no inciso II; e
c) as competências em que tenha havido exercício de atividade e tenham sido zeradas em decorrência do agrupamento poderão ser objeto de recolhimento pelo segurado, respeitado o limite mínimo.

Como proceder com contribuições abaixo do salário mínimo de competências anteriores a 13/11/2019?:
Para os segurados facultativos, contribuintes individuais (incluído o MEI), o pedido de complementação deve ser feito para o INSS, já os trabalhadores CLT, domésticos e trabalhadores avulsos não precisam fazer a complementação.

E com as contribuições abaixo do salário mínimo de competências posteriores a 13/11/2019?:
Não valerá para manter a qualidade de segurado ou para o cômputo de tempo de contribuição segundo o art. 28 da portaria número 450 do INSS para segurados empregados ou não, devendo haver complementação.

Consultar também o flashcard “Como fazer o complemento de contribuição abaixo do salário mínimo”; o tutorial para a complementação da Receita federal está disponível em: https://receita.economia.gov.br/orientacao/tributaria/pagamentos-e-parcelamentos/emissao-e-pagamento-de-darf-das-gps-e-dae/contribuicao-complementar-emenda-constitucional-no-103-2019